Theo tiến sĩ Nguyễn Huy Thịnh, nên cắt bỏ phần bánh bị mốc chua vì không còn thơm ngon, nhưng nếu ăn vào thì cũng không bị ngộ độc.
Trong dịp Tết một số gia đình gói nhiều bánh chưng nên ăn không hết, thường gặp hiện tượng bánh bị lại gạo. Theo tiến sĩ Nguyễn Duy Thịnh, Viện Công nghệ Sinh học - Công nghệ Thực phẩm, Đại học Bách khoa Hà Nội, hiện tượng này thường xảy ra đối với bánh chưng chỉ nấu đủ chín hoặc gói quá chặt tay và được lưu giữ dài.
Hiện tượng lại gạo không có gì đặc biệt vì hạt gạo nếp sau khi chín, để lâu có thể bị tách nước, hạt nếp trở lại trạng thái khô cứng một phần hay toàn bộ
Bánh chưng cũng có thể bị mốc, đặc biệt trong những ngày thời tiết ấm áp, nhưng không đáng ngại vì mốc thường phát triển ở lớp lá bên ngoài và dễ dàng bị phát hiện bằng mắt thường. Chỉ cần hơ bánh trên bếp gas đang cháy hoặc cho bánh vào nồi luộc lại là mốc bị diệt hoàn toàn.
Bánh chưng có thể bị mốc ăn sâu qua lớp lá vào phía trong bánh. Trong trường hợp này, bánh có thể bị lên men chua cục bộ. Phần góc bị ảnh hưởng nhiều nhất do bị va chạm và dễ rách lá. Phần bánh bị chua sẽ không còn mùi vị thơm ngon của bánh chưng bình thường nữa nên cần cắt bỏ. Tuy nhiên, nếu ăn cũng không bị nhiễm độc vì thực ra đây chỉ là quá trình lên men rượu rồi từ rượu biến thành axit, không tạo ra các độc tố gây nguy hiểm cho sức khoẻ.
Để bánh chưng Tết luôn ngon lành, không nên gói quá chặt tay, bánh sẽ dễ bị lại gạo, cứng, ăn không ngon. Cũng không nên gói quá lỏng tay vì bánh sẽ quá mềm và dễ bị mốc. Nên luộc kỹ cho bánh chín đều và "rền". Sau khi luộc chín, dỡ bánh ra một chậu nước sạch, tốt nhất là dùng một chậu nước đã đun sôi, để nguội vừa ấm tay và rửa từng cái bánh cho hết nhớt trên bề mặt lá bên ngoài bánh.
Xếp bánh trên sàn gỗ có lót một tấm vải ép cho thoát nước. Mỗi cái bánh được gói lại bằng giấy báo và xếp vuông vắn trên bàn. Bánh được làm như vậy sẽ bảo quản lâu hơn, ít bị mốc hơn. Nếu cần lưu trữ bánh lâu, tốt nhất là để trong ngăn mát của tủ lạnh. Trong quá trình bảo quản, cần thường xuyên kiểm tra bánh. Nếu thấy mốc thì cần xử lý ngay bằng cách hơ trên lửa bếp gas hoặc luộc lại.
Mỗi lần ăn, nên làm nóng bánh chưng bằng lò vi sóng hoặc hấp lại. Nên hạn chế rán vì sẽ làm tăng lượng chất béo, không có lợi cho sức khoẻ.
